1. Prologo
2. Introducción
3. Glosario
4. Quia para la identificación de las familias representadas en la región
5. Ilustraciones a color
6. Aspectos generales de las especies registradas en el área
7. Bibliografía

El parque está subdividido en tres sectores de acuerdo con las características topográficas de la región. En el norte y el centro del área protegida existe el sector de montañas o colinas. Además, se presenta el sector de planicies sin inundaciones y un sector de pantanos. Los Katíos está ubicado en la zona donde chocan los vientos alisios provenientes del noroeste y aquellos provenientes del suroeste, lo cual determina el clima. Con un promedio de más de 10 000 mm de lluvia en las partes altas del río Atrato, el territorio es considerado uno de los lugares más lluviosos del mundo, convirtiendo al río Atrato en uno de los ríos más caudalosos del planeta. La precipitación es menor en la planicie, registrando entre 2 500 y 3 000 mm al año, promedio que tiende a aumentar en las montañas en el interior del parque.

Las lluvias se rigen de acuerdo con un patrón unimodal; la época más seca del año va de enero a marzo, y se calcula que durante este tiempo cae una décima parte del promedio anual. Entre los meses de mayo y septiembre cae la mayor cantidad de lluvias, registrando cerca del 60% de la lluvia que cae anualmente. El promedio de temperatura es de 27 ºC; en los parajes más elevados es entre 24 y 25 ºC.

La flora del parque es una de las más ricas del mundo en términos de biodiversidad y es una de las áreas protegidas mejor conservadas de todo el Chocó. En términos biológicos, Los Katíos representa un sitio de transición e intercambio entre la Provincia Biogeográfica del Chocó y la del Caribe. Además, en la década de 1970, en conjunto con el gobierno de Estados Unidos, el gobierno colombiano acordó crear en el Darién zonas que funcionaran como un filtro natural para la propagación de la fiebre aftosa a Centro y Norteamérica. El Parque Nacional Natural Los Katíos se encuentra en el centro de estos esfuerzos.

Dentro del parque coexisten 933 especies catalogadas de plantas (SPNC 91). Existe una gran multiplicidad de comunidades selváticas, acuáticas y semi acuáticas. El bioma predominante en el parque es el de selva húmeda o bosque tropical higrofítico, y los hidrobiomas del Atrato y otros cuerpos de agua. También crecen bosques inundables y bosques riparios en llanura aluvial, ciénagas y selva tropical y bosque enano nublado en serranía aislada.

Entre las ciénagas existe la lechuga de agua (Pistia stratiotes) y la oreja de mula (Eichhornia crassipes), especies flotantes no enraizadas. Estas plantas forman grandes tapetes con raíces sumergidas, que atrapan el sedimento y los nutrientes necesarios para su supervivencia, creando un verdadero impedimento para los navegantes.

Los terrenos con agua de poca profundidad permi